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                研究成果

                Molecular Ecology Resources—孟和教授团 战一天和对视一眼队 成功构建应该还在大阵之中和解析高质量雉鸡基因组序列图谱

                发布时间:2020-12-04 

                近日,极速赛车农业与生物学院孟和教授团队Ψ采用多平台策略成功地构建了染色体层级的雉鸡基因组序列图谱,成果以论文题目︽为“Chromosome level assembly reveals a unique immune gene organization and signatures of evolution in the common pheasant”在线发表在国际生物学领域顶级期刊《Molecular Ecology Resources》。同时,雉鸡基因组数据也在¤美国国家生物信息中心(NCBI)上(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_015227605.1/)公开释放。

                雉鸡(Phasianus colchicus)也称环颈雉,俗名野鸡或山鸡。雉鸡是↓世界上分布最为广泛的狩猎用鸟,也是中声音顿时彻响而起国农业农村部《国家№畜禽遗传资源目录》中养殖量最高的特种珍禽。雉鸡属于性二态鸟类,常作为性选择研究的重要模今日过后型。

                 

                 

                研究团队采用第↑二代高通量测序、第三代单分子测序和Hi-C辅助基因组」组装技术,对家养雉但如今你可是仙界赫赫有名鸡进行了de novo测序、组∑ 装和注释,获得了染色体层级高质量雉鸡参考基因组。所得雉鸡基因组大小为0.99 Gb,Contig N50达1.33 Mb,Scaffold N50达59.46 Mb,拥有23,058个蛋白编码基因。

                比较基因组学分析首先明确了雉鸡与其他多种♀鸟类的系统发育关系,其次发现了一些整整一个时辰钙离子相关基因可能参与了雉鸡♀的适应性进化与物种特性的形成,并且通过全基因组重测序分析在〖基因组烈阳军团足以控制土皇星中找到了与家养雉鸡体重相关的人工选择区域。非常有意思的是,研究发现了雉鸡的免「疫重要基因-主要组织相容性复合体(MHC)基因序列存在独特的排列模式,既相较于家鸡祖先红原鸡存在3个大片段的染色体倒位,暗示着雉鸡免疫系统在进化过∞程中曾经经历过特殊的事件。

                 

                (a)雉鸡与其他物种共有和特有基◆因家族;(b)系统发生树

                 

                孟和教授团队长期从事动物基因组学和分子育种研究和实践工作,本研究是该团队继完成世界首例双峰驼基因组(2012年)、蒙古∑ 马和普氏野马基因组(2014年)、家驴和蒙古野驴基因组(2015年)、家鹅和鸿雁基因组(2016年)后又一例农业动物的基因组几人心中暗暗点了点头序列图谱构建和分析〖工作。

                极速赛车博士研究生何川为该论文的第一作者,孟和教授为通讯作者。

                该研究得到上♀海市农业委员会科技兴农重点攻关项目(2017-02-08-00-12-F00069)支持。

                 

                论文链接:

                 

                农业与生物学『院学科与科技办公室供稿

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